根尖周囊肿是颌骨内最容易见到的牙源性囊肿，是炎症性囊肿，其成因主要与根尖周组织的慢性炎症密切有关。
一般，当牙齿发生龋病、牙髓病等状况时，假如没得到准时有效的治疗，细菌及其毒素会通过根尖孔侵入根尖周组织，引发根尖周炎。在根尖周炎的慢性进步过程中，根尖周组织会出现炎症细胞浸润，炎症刺激会致使根尖周的牙周膜内残留的上皮剩余细胞增生。这类增生的上皮细胞团块，在中央部位因为营养提供不足等缘由会发生变性、液化，渐渐形成小的囊腔。
伴随炎症的持续存在，囊腔会不断地积聚囊液而渐渐增大。囊液的来源主如果周围组织的渗出液，其中包括了炎症细胞、蛋白质等成分。同时，炎症还会刺激根尖周组织产生破骨细胞，致使周围的牙槽骨被吸收，为囊肿的进一步扩大提供空间。
另外，根尖周囊肿的形成还可能与机体的免疫反应有关。在炎症刺激下，机体的免疫系统会被激活，产生一系列的免疫应答。免疫细胞和免疫分子在对抗细菌的同时，也会对根尖周组织导致肯定的损伤，促进囊肿的形成和进步。而且，病人自己的身体情况、口腔卫生习惯等原因也会对根尖周囊肿的发生进步产生影响。比如，身体抵抗力较差、口腔卫生不好的的病人，更容易发生根尖周的慢性炎症，进而增加根尖周囊肿形成的风险。
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